辣椒根茎腐烂可能是感染了根腐病，在发病初期，可用恶霉灵或甲霜恶霉灵、枯草芽孢杆菌或咯菌氰生根剂灌根防治。辣椒根腐病主要是预防为主，使用甲霜恶霉灵、多菌灵等进行土壤消毒，种子提前用0.3%的退菌特或0.1%的粉锈宁拌种消毒，并及时防治地下害虫和线虫的危害。
