冬虫夏草的子座单生,细长圆柱形,从寄主头部生出,头部红棕色,胸腹部深黄色至黄棕色,有细纵皱纹。冬虫夏草的基部直径向上渐狭细,头部膨大成近圆柱状,褐色,子囊壳近表面生,基部稍陷于子座内,形状为椭圆形至卵形。