肉苁蓉多生长在沙丘、干涸河床、湖盆低地等地区，喜欢轻度盐渍化的沙地荒漠，生长区的气候干旱、降水少、日照时间长，多寄生在旱生植物梭梭的根部。植株的最适宜生长温度为20-30℃，沙质土壤就能满足植株的生长需求。
肉苁蓉这种植物多寄生于植物的根部，寄生过程完成后，植株的吸盘上就会生长出一个个肉苁蓉幼体，养分由植物寄主提供，肉质茎上会长出叶和花序，生长周期在一年左右。
